平成16年10月23日に発生した新潟県中越大震災で大きな被害を受けた中山間地域では、震災以降、NPO法人が中心となって地域住民の移動手段を確保するためにコミュニティバスを運行したり、住民の方々が特産物を利用した農家レストランを開業したりするなど、地域の活性化に向けた新しい取組が生まれています。
　長岡市では“誰もが安心して暮らし続けられる地域”を目指し、国の総合特別区域制度などの活用を図りながら、交通・買物・除雪などの生活サービスの確保、都市との交流促進や新たな雇用創出に向けた取組を地域で活動する団体や中間支援組織の方々と協働しながら進めていきます。

　政策課題の解決を図る突破口とするため、地域の資源や知恵を地域の自立や活性化に向けて最大限活用し、政策課題解決の実現可能性の高い区域における取組に対して、国と地域の政策資源を集中させることにより、産業の国際競争力の強化や地域の活性化を推進し、我が国の経済社会の活力の向上及び持続的発展を図るものです。
　具体的には、地域の包括的・戦略的な取組を、規制の特例措置、税制・財政・金融上の支援措置により、地域の実情に合わせて総合的に支援するとともに、総合特区ごとに組織される国と地方の協議会で国と地域の協働プロジェクトとして推進するもので、取組の目的に応じて『国際戦略総合特区』と『地域活性化総合特区』に分けられます。
　長岡市が指定を受けた『地域活性化総合特区』は、農業、観光業その他の産業の振興のため、新たなビジネスモデルや市場の創出を図る取組や、急速な少子高齢化の進展等により、人口が減少し、高齢者の割合が急増していく中で、高齢者が安心して生活し活躍することができる社会、かつ、誰もが安心して子供を育てることのでき、経済社会情勢の変化に対応した社会の構築を図る取組に対して、地域の活性化に関する規制の特例措置等の施策を集中的に推進し、支援を行うものです。

　総合特別区域法に定める規制の特例措置や税制・財政・金融上の支援措置の導入等を含む幅広い対応により長岡市の中山間地域の自立促進を図ることを目的として、震災復興や地域づくりに取り組む団体を構成員として、平成23年8月18日に発足しました。
　この協議会では、支援措置の活用に向けた総合特別区域計画の作成やその実施に向けた協議のほか、中山間地域の活性化に向けて幅広く情報共有や意見交換を行っています。

　平成23年12月22日、国は長岡市が指定申請していた『持続可能な中山間地域を目指す自立的地域コミュニティ創造特区』を地域活性化総合特別区域の第一次指定区域にすると公表しました。第一次指定を受けたのは平成23年9月末までに全国から申請のあった88件のうち33件です。
（指定の内訳：国際戦略総合特別区域7件、地域活性化総合特別区域26件）

　平成24年1月18日に開催された総合特別区域・環境未来都市指定書等授与式で、野田内閣総理大臣は、「総合特区は、一昨年の6月に新成長戦略をまとめました時の一つの大きな柱です。単なる規制だけではなくて、税制・財政・金融様々な政策メニューを駆使して、魅力ある地域を作ってもらうために、日本再生の起爆剤になることを強く期待しています。」と述べられました。
　また、有識者により構成される「総合特別区域評価・調査検討会」からは、「中山間地域の暮らしを支える点でのコミュニティバスの有効性が、公共交通の確保という中山間地域における共通課題への取組モデルとなるものである。」と評価されました。

　平成24年2月28日、国は長岡市が申請していた地域活性化総合特別区域計画を認定しました。認定された計画は、NPO法人が行う生活交通事業の円滑な事業実施を図るために、事業に必要な資金について金融機関から低利融資を受けられる「総合特区支援利子補給金」制度の活用を盛り込んだものです。

　平成25年3月29日、国は長岡市が申請していた地域活性化総合特別区域計画の一部変更を認定しました。今回追加で認定された計画は、総合特区内において過疎地有償運送を行うNPO法人が、他人の需要に応じて過疎地有償運送の用に供する自家用マイクロバス等の有償貸渡しを行うため、事業に必要な規制の特例措置を受けられるよう計画に盛り込んだものです。